Det kommer frem i et brev fra Samferdselsdepartementet til Widerøe, som Nord24 har fått innsyn i.
Tilskuddstrekket gjelder "påvirkbare" kanselleringer for driftsåret 1.april 2013 til 31.mars 2014.
Ifølge departementet kunne flere av kanselleringene vært unngått av flyselskapet, skriver nettsiden.
Staten betaler over 600 millioner kroner årlig til Widerøe for å fly på det regionale kortbanenettet.
Departementet viser til anbudskontrakten for å begrunne trekket, der reglene sier at staten kan redusere utbetalingene fra første kansellering når slike kanselleringer overgår mer enn 1,5 prosent av det planlagte antall flyvninger i et driftsår.
Widerøe trekkes totalt for 16, 8 millioner kroner. Av disse trekkes 275.000 kroner fra kansellinger ved Andenes lufthavn.
De øvrige tilskuddstrekkene kan du se her.